【从部署服务器到安装autodock vina】

注意：服务器 linux系统选用ubuntu

• ���录系统，如果没有图形化见面可以先安装图形化界面

  可以参考该视频 --> linux安装图形化界面

  非阿里云ubuntu 依次执行以下命令

  sudo apt-get updatesudo apt-get install gnomesudo reboot

  阿里云ubuntu 需多执行几条命令

  sudo apt-get -f installsudo rebootsudo apt-get install gnome-sessionsudo apt-get install lightdmsudo apt-get install unity-greetersudo dpkg-reconfigure lightdmsudo reboot

  图形化界面安装好之后，服务器界面应该是这样，不再是命令行了

  • 安装anaconda

    1.登录清华源镜像站下载anaconda（用于管理不同的python版本）

    anaconda安装包下载

    拉到下方，下载 Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh 版本，千万不要下错版本

    下载后在File --> Downloads 文件夹里可以找到

    2.创建software文件夹管理后续软件

    在home页面点击右键 打开终端

    输入命令，创建文件夹

    mkdir software

    回到Downloads文件夹，将下载的anaconda移动到software文件夹中（鼠标右键即可 和windows一样）

    3.安装Anaconda

    切记，一定要在software文件夹中打开终端，界面如图所示

    输入命令

    bash Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh

    根据界面提示按下 enter 键，随后出现 yes or no 界面

    输入 yes，再按下enter确认，等待安装完毕

    • 安装pymol

      1.用anaconda安装pymol的虚拟环境

      此时打开终端(任意位置)，可以发现前方出现（base）的字样，即表示anaconda安装成功。

      紧接着开始创建pymol的环境，输入以下命令

      conda create -n pymol

      环境创建成功！紧接着激活环境，输入以下代码

      conda activate pymol

      可以发现终端标识变成了 pymol

      2.安装

      紧接着输入以下命令

      conda install -c conda-forge pymol-open-source

      等待一段时间安装完成，紧接着输入以下代码验证pymol安装是否成功

      pymol

      弹出以上界面则表示pymol安装成功，后续使用pymol均是先切换至pymol环境，再输入pymol！

      附一些pymol的用法，自己悟！

      b站up小关同学 - pymol用法

      b站upDS医学生- pymol用法

      • 安装autodock tools

        打开网址： https://ccsb.scripps.edu/mgltools/ 下载linux版

        将下载后文件移动至software文件夹下，解压

        tar zxvf mgltools_86_64Linux2_1.5.7p1.tar.gz

        进入解压后的文件夹，打开命令行

         创建autodock tools环境conda create -n tools

        切换环境conda activate tools

        安装./install.sh

        安装后需要添加环境变量

        在Home页重新打开终端，切换至tools环境

        显示隐藏文件ls -a

        打开配置文件gedit .bashrc

        添加以下配置，具体操作跟着视频来 --> 修改tools环境变量

        修改保存后，输入命令立即刷新配置

        source .bashrc

        还需在tools环境下安装一些图形库以支持autodock tools

        sudo apt-get update

        sudo apt-get install libgl1-mesa-glx

        sudo apt-get install libglu1-mesa libxi-dev libxmu-dev libglu1-mesa-dev

        都安装完，启动autodock tools

        pmv

        • 安装autodock vina

          附vina官网网址 --> vina官网

          在安装之前，需要设置以下anaconda的镜像源（换成清华源，否则默认路径下载太慢）

          打开命令窗口，在（base）环境下输入命令

          conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

          设置后输入以下命令验证是否设置成功

          conda config --show channels

          如果输错了，输入以下代码删除

          conda config --remove channels 错误的源地址（不是这个中文啊 是你输错的那串地址 = = ）

          创建虚拟环境conda create -n vina python=3

          激活环境conda activate vina

          安装对应版本的numpy 否则会报错conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme

          安装conda install -c conda-forge vina